CAPCOM经典名作，征服世界野心被洛克人破坏的威利博士还不死心，另外又制造了金属人、空气人等八具特色各异的战斗机器人再度向洛克人宣战！威利的机械工学如此利害，他到底是甚么“人”……？面对各种地形与敌人，善用从敌人取得的各种武器，勇闯难度更高的新威利博士要塞，再次阻止他的野心。击败威利博士众多的手下，向威利博士发起最终挑战。威利博士这一次被彻底消灭了么？答案尽在洛克人－威利博士之谜！