根据家喻户晓的动画忍者神龟改编而成，讲述了在纽约市一条大街的地下管道里住着四只功夫高强的忍者神龟和斯普林特一只被辐射成为大老鼠的日本老师。神龟们各个骁勇善战，身怀绝技，为了维护正义，保卫城市家园，他们同狡猾的脑子博士、以及一伙神秘且训练有素的忍者（史莱德的部下）展开殊死搏斗的故事。