很久很久以前，人类的生命科技曾高度发达，大量拥有智脑的生化兽被制造出来代替人类进行各种工作。末日灾难中，人类被迫离开了太阳系，留下了大量生化兽和退化生化人，亿万年后 生化人发现了一种特殊的方法可以控制生化兽，称为数码宝贝。